序號 | 保護區類別及面積（平方公里） | 自然保護區名稱 | 所在地區 | 主要保護 對象 | 面積（平方公里） | 保護區級別 | 批準機關 | 批準時間（年月） | 主管 部門 | 管理機構 |
| 1 | 自然保護區（0.003） | 雨花臺礫礫石層保護區 | 雨花臺區 | 礫礫石層地質剖面 | 0.003 | 市級 | 市政府 | 1984.12 | 市國土局 | |
| 2 | 風景名勝區（495.92） | 鐘山風景名勝區 | 玄武區 | 山林和人文景觀歷史遺跡 | 35.04 | 國家級 | 國務院 | 1981.11 | 中山陵園管理局 | |
| 3 | 雨花臺風景名勝區 | 雨花臺區 | 自然和人文景觀 | 1.13 | 省級 | 省政府 | 1997.12 | 雨花臺陵園管理局 | ||
| 4 | 湯山溫泉-陽山碑材風景名勝區 | 江寧區 | 地下溫泉、歷史遺跡 | 72.00 | 市級 | 市政府 | 1999.12 | 市建委 | ||
| 5 | 棲霞山風景名勝區 | 棲霞區 | 自然和人文景觀 | 8.60 | 市級 | 市政府 | 1999.12 | 市園林局 | 棲霞山公園管理處 | |
| 6 | 幕府山-燕子磯風景名勝區 | 南京市區 | 自然風貌和人文景觀 | 7.08 | 市級 | 市政府 | 2001.09 | 市園林局 | ||
| 7 | 固城湖風景名勝區 | 高淳縣 | 水資源、濕地 | 30.95 | 市級 | 市政府 | 1999.12 | 市建委 | ||
| 8 | 石臼湖風景名勝區 | 溧水縣 | 水資源、濕地 | 157.07 | 市級 | 市政府 | 1999.12 | 市建委 | ||
| 9 | 東廬山風景名勝區 | 溧水縣 | 自然山林、水庫 | 109.38 | 市級 | 市政府 | 1999.12 | 市建委 | 縣水利局、農林局 | |
| 10 | 竹鎮林場風景區 | 六合區 | 自然山林 | 6.67 | 市級 | 市政府 | 1999.12 | 市建委 | 竹鎮林場 | |
| 11 | 桂子山-金牛水庫風景區 | 六合區 | 自然景觀、水庫 | 68.00 | 市級 | 市政府 | 1999.12 | 市建委 | ||
| 12 | 森林公園（89.62） | 老山國家森林公園 | 浦口區 | 森林和自然景觀 | 80.00 | 國家級 | 林業部 | 1991.08 | 市農林局 | 老山林場 |
| 13 | 牛首山森林公園 | 江寧區 | 森林和自然景觀 | 6.67 | 省級 | 省農林廳 | 1995.08 | 省農林廳 | 東善橋林場 | |
| 14 | 無想寺森林公園 | 溧水縣 | 森林和自然景觀 | 2.95 | 市級 | 市農林局 | 1992.10 | 縣農林局 | ||
| 15 | 飲用水源保護區（0.04） | 長江飲用水源一級保護區 | 南京市區 | 飲用水源 | 0.04 | 市級 | 市政府 | 1991.07 | 市水利局市環保局 | 市市政公用局 |
| 16 | 其它（10.74） | 南京明城墻風光帶 | 南京市區 | 明城墻遺跡 | 6.51 | 市級 | 市政府 | 1999.03 | 市規劃局 | |
| 17 | 城市公園 | 南京市區 | 綠地、景觀 | 4.23 | 市級 | 市政府 | 1992.08 | 市園林局 | ||
| 全市自然保護區總面積：596.323(平方公里) | ||||||||||
| 全市自然保護區覆蓋率：9.04% | ||||||||||
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